メモスレ

1：名無しさん＠1ちゃんぬる2020/05/03(日) 10:38:04

何でも

199：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:16:55

木造のボートや波止場、堤防、桟橋などを損傷させる原因として、ミミズのような軟体動物である船虫がいることは、
人類は2,000年以上前から知っていました。
しかし、米国国立科学財団の助成を受けたマサチューセッツ大学アマースト校の研究が『Frontiers in Microbiology』誌に掲載され、
彼らがどのように食べるのかという最も基本的なことがわかっていないことが明らかになりました。

この論文の著者の一人である
マサチューセッツ大学アマースト校の微生物学者、ルーベン・シップウェイは、「信じられないことです」と言う。
古代ギリシャ人は船虫について書き、クリストファー・コロンブスは「船虫がもたらした大混乱」によって船団を失い、
そして今日、船虫は年間数十億ドルの損害をもたらしています。

シップワームは、世界の熱帯地域のマングローブ林の生態系においても重要な役割を果たしており
、生命の網の中で膨大な量の炭素を循環させる役割を担っています。"
しかし、「彼らがどのようにしているのか、まだ分かっていない」とシップウェイは言う。"

200：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:20:41

シップワームは、海洋環境下で木質植物（リグノセルロース系バイオマス）を食する、
生態学的にも経済学的にも重要な軟体動物です。
消化は特殊な盲腸で行われるが、盲腸はほとんど無菌状態であり、
腸内細菌も存在しないことが報告されている。
木材分解酵素は、内因性に生産されるものと、鰓の内共生細菌によって生産されるものがあり、
後者の細胞外酵素は腸に運ばれる。
これまでの研究では、これらの動物が木質植物のセルロース成分をどのように処理するかに主眼が置かれており、
リグニン（木材のホロセルロース成分へのアクセスを阻害する強靭な芳香族ポリマー）の分解は無視されてきた。
リグニンの酵素的または非酵素的な修飾と解重合は、
セルロース分解の前駆体として他の木材分解生物系で必要とされることが示されている。
本研究では、Joint Genome Institute Integrated Microbial Genomes and Microbiomes Expert Reviewで得られた
5つの船虫鰓細菌共生体のゲノムを調べ、
リグニン修飾酵素（リグニナーゼ）の産生について検討した。
また、Joint Genome InstituteのFunction Profileツールとblastp解析を用いて、
リグニナーゼと思われるタンパク質をゲノム上で検索しました。
見つかったタンパク質はSWISS-MODELを用いてモデル化しました。
各細菌ゲノムには少なくとも4つのリグニナーゼが予測されていたが、
同一性の割合やタンパク質モデルの質が低く、信頼性に欠けるものであった。
先行研究では、リグニンを化学的・分子的に修飾する内因性の能力が限られていることが明らかになっている。
同様に、我々の結果は、船虫の腸内細菌の鰓共生酵素が、
船虫の腸内でリグノセルロースを消化する際のリグニン修飾に関与する可能性が低いことを示している。
このことは、これらの重要な生物がリグノセルロースをどのように消化・処理しているかについての理解が不完全であることを示唆しており、
リグニンの修飾についての非酵素的なメカニズムやその他の未知のメカニズムについての更なる研究が必要である。

201：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:22:17

>>199
船虫じゃない
フナクイムシのほう

202：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:23:35

苦手な人は画像検索しないほうがいいかも

203：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:24:38

で>>200は結局分解酵素不明というレポート
オープンアクセスです

204：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:26:23

https://peerj.com/articles/11797/
Vertical escape tactics and movement potential of orthoconic cephalopods
Published July 16, 2021
PubMed 34316410 　

205：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:31:12

概要


古代の海洋動物が利用していた運動戦術を測定することで、
機能的な形態と地質学的な時間スケールでの進化や生態を結びつけることができる。
外殻性の頭足類は、海洋の栄養交換において中心的な役割を果たしていることから特に重要であるが、
ほとんどの化石分類群には比較のための十分な現代の類似物がない。
特に、系統的に多様な頭足類は、時代を超えて繰り返しオルトコンク（まっすぐな殻）を作り出してきた。
この形態の持続的な再進化は、この形態が適応的な価値を持つことを示唆している。
十分なカウンターウェイトを持たない頭足類は、安定した垂直な姿勢をとるため、
実用的な横方向の推進力は適応の原動力としては除外されている。
しかし、この制約があるからこそ、迅速な（あるいは少なくとも効率的な）垂直推進の可能性がある。

206：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:31:24

本研究では、3DプリントしたBaculites compressusのモデルを用いて、
この形態の動きを実験した。
このモデルは、仮想モデルから推測される静水圧特性を模倣するように重み付けされている。
さらに，モデルの浮力を操作して，
4つの独立したシナリオ（ノーチラス号のような巡航時の推進力，
セピア号のマントルキャビティでスケールアップした同様の推進力，
ノーチラス号のようなピーク時の持続的な推進力，
受動的でわずかに負の浮力）で模擬的な推進力を与えた。
各モデルは，2台の水中カメラを用いて，約2メートルの高さから上昇／下降する様子を水中でモニターし，
3Dモーショントラッキングによって運動特性を計算した。
その結果，オルソコーンは，非常に小さい推力で高い運動量と速度を得ることができることがわかった。
オウム貝のような最大推力で、モデルは静止した初期状態から1秒以内に1.2m/s（2.1体長/秒）の速度に達する。

頭足類が直交コンクを持つことで、様々な生活習慣を想定していたと思われるが、
今回の実験では、一次的な制約が明らかになった。
垂直方向に移動することで流体抵抗が小さくなることから、
垂直方向の移動にかかる代謝コストは非常に小さいと考えられる。
頭足類は日常的には低エネルギーの生活を送っていたと思われるが、
より大きく、より速い捕食者から逃れるために、素早く上向きに身をかわすという戦い方をしていたかもしれない。
今回の実験は、オルソコーンが、高度な流線型、垂直方向の安定性、上方への運動性と引き換えに、
水平方向の移動性と操縦性を犠牲にしていることを示唆している。

207：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:33:02

>>204もオープンアクセス

208：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:34:26

https://science.sciencemag.org/content/373/6550/118
Crystal structure of a key enzyme for anaerobic ethane activation
Science 02 Jul 2021:
Vol. 373, Issue 6550, pp. 118-121
DOI: 10.1126/science.abg1765 　

209：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:35:42

概要

海底で2番目に多い炭化水素ガスであるエタンは、
硫酸還元菌と共生する嫌気性古細菌によって効率的に酸化される。
本研究では、提案されているエタン活性化酵素の0.99オングストローム分解能の構造を報告し、
メタンを生成・消費するメチル補酵素M還元酵素と区別するための特定の特徴を記述した。
ジメチル化されたニッケルを含むF430補酵素を保持する広い触媒室は、
炭素数2の基質に対してメチル-補酵素M還元酵素の化学反応を適応させる。
メチオニンの硫黄が、グルタミンの酸素に代わって、ニッケルの下軸配位子となる。
特定のループ拡張、4ヘリックスバンドルの拡張、翻訳後のメチル化により、
33オングストロームの長さの疎水性トンネルが形成され、こ
れがエタンを埋もれた活性サイトに導くことがキセノン加圧実験で確認された。

210：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:37:26

このエタンを食べる微生物の発見は、この分野の研究に新たな方向性をもたらした。
メタンを食べる微生物は通常、成長に多くの時間を要するのに比べ、
このエタンのスペシャリストたちは、毎週2倍の速さで成長することがわかった。
バイオマスの生産時間が短縮され、
天然ガスの酸化を触媒する重要な酵素の反応も速くなっている。

この酵素の構造は、地熱活動の活発なベントに生息するこれらの微生物が、
どのようにしてエタンの捕捉に特化するようになったかを示している。
この研究は、古細菌の唯一のエネルギー源であるエタン分解の第一段階の理解を深めることにつながっているという。
酵素がエタンを認識するための特殊な特性を持っていることがわかったことは、
大きな前進であると研究者たちは考えている。

211：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:39:03

https://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/09670262.2021.1914863
Revival of Philozoon Geddes for host-specialized dinoflagellates,
‘zooxanthellae’, in animals from coastal temperate zones of northern and southern hemispheres

Received 01 Mar 2021, Accepted 05 Apr 2021, Published online: 28 Jun 2021

https://doi.org/10.1080/09670262.2021.1914863 　

212：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:42:04

1800年代後半、科学者たちは、
イソギンチャクやサンゴ、クラゲなどの温帯の海洋動物の組織内で観察された「黄色い細胞」に困惑していた。
これらの細胞は動物の一部なのか、それとも別の生物なのか。
別の生物であるならば、それは寄生虫なのか、あるいは宿主に利益をもたらすものなのか。

1882年、エジンバラ大学の生物学者パトリック・ゲッディーズ卿は、『ネイチャー』誌に発表した論文で、
これらの細胞は別個の生物であるだけでなく、生息する動物にとっても有益なものであると提唱した。

ゲッディーズは、この細胞をギリシャ語で「友人として愛する」を意味するphileoと
「動物」を意味するzoonを組み合わせたPhilozoonという新しい属に分類し、
その後彼は都市計画やデザインにジョブチェンジした。
その後、ゲッデスの科学的貢献はほとんど忘れ去られ、フィロゾーンという属名も使われなくなった。

213：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:43:30

ABSTRACT

渦鞭毛藻綱Symbiodiniaceaeは、多様性、生態、地理的分布に大きな違いのある多数の属と種から構成されている。
温帯の共生刺胞動物によく見られる進化的に分岐した系統で，
文献では「temperate-A」，「AI」，「Phylotype A´（A-prime）」，「Mediterranean A」などの非公式な名称で呼ばれているが，
ここではPhilozoon属に分類する。
この属はGeddes (1882)によって提案されたもので、
「黄色細胞」を動物や原生生物の宿主とは別の生物体として認識した最初の論文の一つである。
核遺伝子（rDNA）、葉緑体遺伝子（cp23S）、ミトコンドリア遺伝子（cobおよびcox1）、形態（細胞の大きさ）、
生態学的特性（宿主との親和性）、地理的分布などの系統的データを用いて、
Philozoon Geddes属とその2種（P. medusarumおよびP. actiniarum）を改称し、
6つの新種を記載した。
それぞれの共生種は、イソギンチャク、ソフトコーラル、ストーニーコーラル、根茎クラゲなどの特定の種に対して高い宿主忠実度を示す。
PhilozoonはSymbiodinium（以前のClade A）に最も近い種ですが、熱帯産のものとは異なり、
地中海、大西洋北東部、オーストラリア東部、ニュージーランド、チリなど、北半球と南半球の温帯の浅い海洋環境に生息しています。
このように、温度変化の激しい高緯度環境に生息する刺胞動物を宿主とする多様な系統が存在することは、
Symbiodiniaceaeの生態学的、生物地理学的な広がりに注目する必要がある。

214：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 12:44:10

渦鞭毛藻の仲間だった

215：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/08/20(金) 20:13:53

https://ameblo.jp/holycater/entry-12691946565.html
USB CABLE CHECKER2を買ってみた
仕事で使っているパソコン2台と個人のパソコンがすべてUSB Type-Cをサポートして、
前から色々聞いてはいた問題・・・USB Type-Cのケーブルの種類が外観からではわからんに直面しました。
こっちのSSDは内部接続がSATAだから500MB/s出れば上出来、こっちはNVMeだから1000MB/sは出てほしいな、PDで100W対応ケーブルがこれで
・・・・・・などなどこれらすべてがなんと使用するケーブルに性能が左右されます。
さすがに業務にも支障をきたすので購入したのがUSB CABLE CHECKER2です。


これこれ

216：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/10/13(水) 14:13:18

https://frontiersinzoology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12983-021-00413-0
Frontiers in Zoology volume 18, Article number: 31 (2021)
Amphibian breeding phenology influences offspring size and response to a common wetland contaminant
両生類の繁殖期が子孫のサイズと一般的な湿地帯の汚染物質への反応に影響を与えることを明らかにした。

217：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/10/13(水) 14:15:45

道路に凍結防止用の塩がまかれるのでここでの汚染物質NaClとはその塩のこと

218：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/10/13(水) 14:18:20

気候変動に伴う気温変動の増大は、世界中の野生生物のフェノロジーに重大な影響を及ぼす。
例えば、冬の気温が上昇すると、生物種間で繁殖表現が前方にシフトする（「偽春」）可能性があり、
生物は繁殖時や脆弱な初期生活段階で凍結の危険にさらされることになる。
人間の活動が自然の生態系を侵食し続ける中で、繁殖フェノロジーが他の人為的なストレス要因（汚染物質など）
とどのように相互作用するかを検討することも重要である。
本研究では、広く普及している両生類（Rana sylvatica）の14個体群を用いて、
1）成長、2）一般的な湿地の汚染物質（NaCl）に対する耐性、
3）オタマジャクシが生後早期に亜致死的なNaCl暴露を受けた後に致死的なNaCl暴露に順応する能力を比較しました。
これらの指標を、2回の繁殖シーズン（2018年と2019年）と、
親の繁殖表現が異なるオタマジャクシの集団（早期繁殖コホートと後期繁殖コホート）の間で評価した。
両年とも、早い時期に繁殖したコホートは冬の嵐の前に繁殖活動を終え、
遅い時期に繁殖したコホートは冬の嵐の後に繁殖活動を終えた。
2018年に後期繁殖コホートがさらされた凍結条件は、2019年のそれよりも規模、期間ともに厳しかった。
結果

2018年、後期繁殖コホートの子孫は、前期繁殖コホートの子孫に比べて体が大きかったが、NaClに対する耐性は低かった。
また、早期繁殖コホートの子孫は、生後早期に亜致死濃度のNaClに曝されても、致死濃度のNaClに順応することができたが、
後期繁殖コホートは順応後にNaClに対する耐性が低下した。
興味深いことに、2つの繁殖シーズンのうち温暖な2019年には、繁殖時期が遅いことによるNaClへの反応への悪影響は見られなかった。

219：名無しさん＠1ちゃんぬる2021/10/13(水) 14:19:29

強くなってる
えらいもんだな